Um die unter dem Dach des Forschungsnetzes für Zoonotische Infektionskrankheiten zusammengefassten Verbünde und Nachwuchsgruppen mit einander zu verbinden, werden Vernetzungsprojekte gefördert. Diese Vorhaben nutzen Synergien, haben übergreifenden Charakter oder widmen sich einer Methode, die für mehrere Verbünde oder Nachwuchsgruppen relevant ist. Die Vernetzungsprojekte werden jeweils einzeln vom BMBF gefördert.
Next-Generation Sequencing (NGS) Verfahren sind mittlerweile ein fester Bestandteil von Diagnostik und Pathogencharakterisierung und werden auch zur Detektion von Zoonose-Erregern eingesetzt. Im Projekt ZooSeq sollen Protokolle für die einzelnen Arbeitsschritte des NGS gesammelt, zusammengeführt, weiterentwickelt und zur Verfügung gestellt werden. Das Projekt dient der Etablierung modernster, effizienter Workflows, für Bakteriologie und Virologie gleichermaßen, basierend auf der Kompetenz und Expertise der NGS-erfahrenen Antragsteller. Die optimierten Sequenziermöglichkeiten (SOPs, Technologien, Pipelines) können dann von allen Zoonoseprojekten eingesetzt werden, um die NGS-basierte Forschung und Diagnostik im Forschungsnetz Zoonosen auf den bestmöglichen Stand zu bringen.
Obwohl die Erfahrungen mit NGS sehr umfangreich sind, gibt es immer noch Anwendungen, für die die Verfahren optimiert werden müssen. Das trifft zum einen zu, wenn spezielles Material bearbeitet wird, wie z.B. archiviertes FFPE-Material (Formalin-fixierte Paraffin-eingebettete Proben). Solche Proben sind für die phylogenetische Rekonstruktion der Erreger-Historie von großem Interesse. Zum anderen ist die Pathogen-Detektion oft erschwert, da der Erregeranteil in diagnostischem Probenmaterial natürlicherweise sehr gering ist. Da bei NGS-Methoden aber keine Vervielfältigung der Pathogen-Gensequenzen erfolgt, wird die Zielsequenz in NGS-Datensätzen oft von Wirtsnukleinsäuren sowie einer umfangreichen Begleitflora überdeckt. Im Projekt werden spezielle Methoden entwickelt mit denen man einerseits das Pathogen anreichern (Target-Enrichment-Methoden) oder andererseits eine Depletion der Wirtsnukleinsäuren erreichen kann. Somit soll das Wirt-Pathogen-Verhältnis zu Gunsten einer verbesserten Pathogen-Detektion verschoben werden. Ein weiterer Aspekt, der ebenfalls Evaluierung und breiter Etablierung bedarf, betrifft die Sequenziertechnologien der 3. Generation. Diese ermöglichen die Generierung besonders langer Sequenzierreads, was die Erstellung großer Genome erleichtert. Alle genannten Weiterentwicklungen für die verschiedenen NGS Anwendungen erfordern ebenfalls Anpassungen der bioinformatischen Auswertung der generierten Datensätze.
Mehr Informationen finden Sie auf den Seiten des Friedrich-Loeffler-Instituts.
Publikationen
Alice Wittig and others, CovRadar: continuously tracking and filtering SARS-CoV-2 mutations for genomic surveillance, Bioinformatics, Volume 38, Issue 17, September 2022, Pages 4223–4225, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac411
Das Kommunikationsprojekt hat das Ziel, die Verbünde, Nachwuchsgruppen und ÖGD-Projekte in Form von Bildern und Texten sichtbar zu machen und deren Ergebnisse zu verbreiten. Zu Beginn des Kommunikationsprojektes stand eine Zielgruppenerhebung und damit verbunden ein Konzept zur geeigneten Kommunikation.
Im Rahmen des Kommunikationsprojektes erscheinen ca. 5 Newsletter pro Jahr, die während der Laufzeit des Forschungsnetzes die verschiedenen Themen des Forschungsnetzes Verbund- und projektübergreifend in unterschiedlichen Rubriken darstellen. Der Newsletter erreicht über 500 Abonnenten (Stand Ende 2021) aus den Bereichen Forschung, Öffentlicher Gesundheitsdienst und Veterinärdienst, Journalismus, Politik, Industrie und anderen und wird auch außerhalb Deutschlands im deutschsprachigen Ausland gelesen.
