Die Organisatoren und die Nationale Forschungsplattform für Zoonosen als Co-Organisator waren begeistert; knapp 140 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus aller Welt trafen sich vom 8.-9. März 2012 in Münster, um sich über die aktuellsten Entwicklungen und Einsatzmöglichkeiten der NGS-Technologien zu informieren. Im Vordergrund standen dabei Aspekte der öffentlichen Gesundheit (Public Health) sowie der klinischen Mikrobiologie. Was noch vor knapp zwei Jahrzehnten undenkbar schien, ist zwischenzeitlich Laboralltag. Mittels hochmoderner, schneller Next generation sequencing (NGS)-Technologien können Genomdaten von Erregern verschiedenster Krankheitsausbrüche innerhalb von wenigen Tagen produziert werden.
Die Möglichkeiten der schnellen Sequenzierung des Genoms und der Identifizierung der Erregerquellen wurden bei der Konferenz exemplarisch anhand des Cholera-Ausbruchs 2010 auf Haiti, dem Auftreten des EHEC-Stamms O104:H4 im Jahr 2011 und jüngst der Entdeckung des Schmallenberg-Virus aufgezeigt. Dabei zeigten die Referentinnen und Referenten, welche Vorteile die NGS-Technologien bei der „Suche nach der Nadel im Heuhaufen“ bieten. Ohne die technologischen Fortschritte, die bei der Konferenz auch aus Sicht der Hersteller moderner Sequenziergeräte vorgestellt wurden, sind schnelle Identifizierung von Erregergruppen und der Infektionsquelle kaum denkbar.
Für Zoonosenforscherinnen und -forscher war besonders der Vortrag von Thomas Briese von der Columbia University interessant. Dieser zeigte anhand verschiedener Ausbrüche zoonotischer Infektionskrankheiten, wie mittels NGS-Sequenzierungen „Hot spots“ von Infektionskrankheiten weltweit entdeckt werden konnten. Aus seiner Sicht sei es besonders wichtig, dass diagnostische Untersuchungen mit der NGS-Technologie vor Ort durchgeführt werden können, wodurch die Suche nach den jeweiligen Erregerreservoiren stark erleichtert werden kann.
Die modernen NGS-Technologien erlauben es, innerhalb kürzester Zeit eine Vielzahl von Sequenzdaten zu produzieren. Die Herausforderung der Zukunft – so ein Fazit der Konferenz – wird darin bestehen, diese Daten richtig zu interpretieren und diese mit den phänotypischen Eigenschaften der Erreger sowie epidemiologischen Informationen zu verknüpfen.
Auch aus Sicht von Marc Struelens vom European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) müssen noch mehrere Hindernissen überwunden werden, um die genetischen Daten zur Verbesserung der öffentlichen Gesundheit einsetzen zu können. Dazu zählen unter anderem die Benutzerfreundlichkeit, Genauigkeit und Geschwindigkeit der NGS-Technologieplattformen, aber auch Qualitätsstandards für NGS-Daten und Datenanalysen.
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